Söder och öster om huvudön breder den grunda och ostörda skärgården ut sig med hundratals kobbar och skär. Ett besök på någon av öarna ger en föreställning om hur landskapet såg ut för några tusen år sedan. De flesta av öarna är obebyggda och skärgården är grund och svårnavigerad vilket gör att området till stor del har fått behålla sin naturliga karaktär.
Rik flora och fauna
Floran och faunan är väldigt rik, vilket är unikt för denna del av Östersjön. Här finns många arter som är sällsynta i andra delar av landet, exempelvis skräntärna, gölgroda och tuvsträfse. Skärgården är ett mycket viktigt område för fågellivet. Här finns stora möjligheter att få uppleva den yttre skärgårdens fågelliv med ejder, skrak, knipa och annan sjöfågel. Under vattenytan skapar de grunda havsvikarna viktiga livsmiljöer och födosöksområden för ett stort antal växt- och djurarter. I Gräsö skärgård förekommer omkring 50 olika fiskarter, där strömming är vanligast förekommande.
Vrakrika vatten
Hundratals haverier talar sitt tydliga språk för att haven runt Gräsön är farliga. Inventeringar i arkiven har visat att detta är ett av svenska kustens vraktätaste områden där man uppskattat att omkring 1000 haverier ägt rum genom seklen. Många av vraken är välbevarade och det stora antalet vrak i området utgör idag en betydelsefull kulturskatt.
Skärgården som resurs för hushållen
Många av de större öarna i skärgården har under lång tid brukats av gräsöborna. Här kan man finna resterna av ett äldre jordbrukslandskap med hamlade träd och betade strandängar. På flera öar kan man ännu finna sk. sommarladugårdar, där betesdjuren kunde tas in och mjölkas. På de trädklädda öarna kan man även finna spår efter skogsbete. På några av öarna förekommer det även idag betande djur.
Fiske och jakt har historiskt sett varit en viktig inkomstkälla för gräsöborna. På 1700-talet skattades brukarna på ön mer efter fisket än efter åkerbruket. Ända fram till början av 1900-talet gav säljakten i Gräsö skärgård även ett mycket viktigt tillskott till öbornas hushåll. Så sent som 1909 sköts enbart i Kallboda 23 sälar. Med tiden blev säljakten dock allt mindre lönsam och ebbade ut i mitten av 1900-talet. Det var dock allmänt tillåtet att jaga säl fram till år 1974.
Skärgården som plats för rekreation
Än idag är skärgården en viktig resurs för gräsöborna som plats för fiske och rekreation. Fritidsfisket är relativt vanligt och några få bedriver ännu yrkesfiske. Under sommarhalvåret spenderar många sin fritid i de små hus och bodar som finns i skärgården. Båttrafiken är ändå sparsam tack vare att skärgården är så grund och svårnavigerad. En begränsat utbud av organiserad turismverksamhet finns i form av fiske- och dykturer och kajakuthyrning. Under vinterhalvåret kan goda isförhållanden locka en del att besöka området för att åka långfärdskrisko på de isbelagda fjärdarna .