På de hårda bottnarna kan inga växter med rötter leva. Här växer istället alger som med hjälp av vidhäftningsplattor kan hålla sig kvar på det hårda underlaget trots rörelser i vattnet. De djur som finns här är till exempel vattengråsuggor och märlkräftor som gömmer sig i algerna eller blåmusslor som med hjälp av så kallade byssustrådar sitter fast på berget.
I de mjuka bottnarna kan undervattensväxter med rotsystem leva. Här finns både kärlväxter som olika natar, natingar och möjor men även kransalger med rotliknande så kallade rhizoider som i riktigt skyddade vikar kan bilda täta skogar. I denna typ av botten finns också grävande musslor och märlkräftor tillsammans med många insektslarver.
Under ett visst djup saknas tillräckligt med ljus för att växter och alger ska kunna leva. På de hårda bottnarna dominerar då de filtrerande blåmusslorna. I de mjuka bottnarna påträffas grävande djur som lever av att bryta ner plankton och växtdelar som sjunker ner från vattenmassan, exempelvis östersjömusslan, vitmärlor, skorv och korvmaskar.
Längs Upplandskusten finns alla dessa miljöer men Upplandsstiftelsens arbete har de senaste åren inriktats särskilt på grunda skyddade vikar med mjuka bottnar. Dessa miljöer är känsliga och mycket viktiga för ett stort antal växter och djur.