Ledskär är en av mellansveriges bästa och viktigaste fågellokaler. Under vår och höst rastar här tusentals vadare, änder, gäss och svanar på sin väg till eller från häckplatserna i norra Sverige eller den ryska tundran. Från fågeltornet och bryggan har man en vid utblick över strandängarna och den grunda havsviken och vidare ut mot Lövstabuktens grantäta öar.
Redan vid islossningen anländer de första fåglarna. Knipor, sångsvanar, tofsvipor följs snart av allt större flockar med änder och gäss. I mitten av april kan man under fina dagar i fågeltornet avnjuta ett par tusen individer av kanske 30 - 40 olika arter t ex salskrake, stjärtand, gravand, kricka, skrän-, silver- och fisktärna, trana, grå- och sädgås, strandskata och rödbena. I maj samsas rastande vadare på sin väg mot tundrorna med de nyutsläppta dikorna. Du bör kunna kryssa bland annat myr och kärrspov och kustsnäppa.
Från den lövrika strandskogen ljuder en intensiv fågelkör under våren och försommaren med till exempel härmsångare, svarthätta, näktergal och mindre hackspett.
Havsörn, fiskgjuse, lärkfalk och brun kärrhök är rovfåglar som ofta kretsar över viken. I juli börjar gyttjebankar och sandrevlar åter fyllas av vadarfåglar, men nu på väg mot söder. Kulmen brukar inträffa i första halvan av september för att ebba ut i slutet av oktober.
Växter som trivs på dessa kortbetade, havsnära marker är salttåg, glasört, sumpgentiania - som här har sin största förekomsten i Uppland - och smultronklöver som här växer på sin nordligaste plats i landet.
Från bryggan utgår en promenadslinga som leder fram till ytterligare två fågeltorn med utsikt över Fladen. Detta område som ligger mellan Ledskärsviken och Karlholmsviken är skiljt från havet. Ett besök under den tidiga våren, då delar av betesmarken fortfarande håller vatten, kan ge god utdelning.